Cotonou è la capitale economica del Benin e la più grande città dello stato, sede di istituzioni diplomatiche e governative. Per questa ragione puó essere considerata la capitale "de facto", anche se in realtà la capitale ufficiale è Porto-Novo.
Cotonou è situata sulla striscia costiera tra il Lago Nokoué e l'Oceano Atlantico. La città è tagliata in due da un canale, la laguna di Cotonou
Il clima è equatoriale, con due stagioni piovose (aprile-luglio e settembre-ottobre) che si alternano a due stagioni secche. Nei mesi di dicembre e gennaio la città è battuta dai venti. La temperatura annuale varia tra i 18° e i 35°.
Il Porto Indipendente di Cotonou è uno dei porti più vasti dell'Africa Occidentale. L'Aeroporto Internazionale di Cotonou garantisce collegamenti anche con le altre maggiori città del Benin: Parakou, Kandi, Natitingou, Djougou e Savé.
Grazie a queste connessioni Cotonou è diventato un crocevia per il commercio africano occidentale.